Да, гол в свои ворота засчитывается команде соперника. В протоколе его записывают как автогол.
Исключение — стандартные положения: если игрок вбрасывает мяч из аута, бьёт штрафной или угловой прямо в свои ворота, гол не засчитывается. В этом случае назначают угловой в пользу соперника.