В филиале решили перезагрузить сервер с Trixbox, нажали Ctrl-Alt-Del, перезагрузка застряла на каком-то сообщении и "System Halted" они не дождались. Подождали-подождали и выключили насильно.
Включают, а сервер пишет им "setting file permission" примерно в течении 10 минут, пока разговаривали со мной прошло еще минут 5, сервер запустился.

Почему так долго могут устанавливаться разрешения для файлов? Или в это время файловая система проверялась? Как можно сократить время загрузки сервера с Trixbox?

тут много факторов, не понятно что у вас там произошло.
скорее всего вы столкнулись с обычным явлением - повреждением файловой системы.

Сопсснна, это означает что у вас с ACPI непонятки.

full лог занял все доступное дисковое пространство? :)