Добрый.
Для нормальной работы записи нужно в [macro-record-enable] вписать
exten => s,1,GotoIf($["${BLINDTRANSFER}" = ""]?check)
exten => s,n,ResetCDR(w)
exten => s,n,StopMixMonitor()
exten => s,n(check),AGI(recordingcheck,${STRFTIME(${EPOCH},,%Y%m%d-%H%M%S)},${UNIQUEID})
exten => s,n,MacroExit()
exten => s,1+998(record),MixMonitor(${MIXMON_DIR}${CALLFILENAME}.${MIXMON_FORMAT},,${MIXMON_POST})

Я этот текст вписываю в [macro-record-enable-custom]
Но в [macro-record-enable] Elastix все время вписывается строчку
exten => s,1,MacroExit() что блокирует работу макроса.

Как мне заставить Elastix не трогать текст в [macro-record-enable] во вромя сохранения конфигурации из веб интерфейса?

В [macro-record-enable-custom] не покатит. Так как через инклюд он пристыкован к основному [macro-record-enable]. Общее правило: в инклюдах пойдёт рыться если не находит выполнения (экстена) в основном куске диал плана. Так как макросы исполняются с экстена s (который и присутствует в основном тексте макроса), то вообще нет шансов уйти выполнять в macro-record-enable-custom

Два способа:
1) Использовать модуль Dialplan inject
2) Использовать шаблон для дополнения [macro-record-enable]
указав необходимые строки в файле extensions_custom.conf с помощью
[macro-record-enable](+)

Оба способа потребуют нетривиальных познаний в конфигурациях диал плана.

extensions_additional.conf он же из чегото генерит, что знает как заставить freePBX генерить extensions_additional.conf нужного мне содержания?
Очень странно вызлядит содержание макроса, как я понял из своих убогих познаний, чо там в инклюде не пиши по строчке exten => s,1,MacroExit() он будет тутже выходить.

Не из чего-то генерит, а из данных в таблице Менделеева, то есть MySQL.
Что это даёт вам?

Да вот в том что и дело, что ничего.
Пойду эксперементировать, пока чонить не выйдет, типа цветка каменного:)