Добрый день.
Возможно в Hylafax сделать разделение принятых/переданных факсов по пользователям, что бы факсы одного пользователея не были видны другому и наоборот ?

Это настройки надстройки на Hylafax, называется AvantFax.

а без AvantFax нельзя ?
Я пользуюсь утилиткой YajHFC - она удобнее как-то.

Вариант - переписать утилитку.