Здравствуйте.
Стоит триксбокс.

В dandi-channels.conf изменил
; Span 1: WCTDM/4 "Wildcard TDM400P REV E/F Board 5" (MASTER)
;;; line="1 WCTDM/4/0 FXSKS (In use)"
signalling=fxs_ks
callerid=1
group=0
context=from-pstn
channel => 1
callerid=
group=
context=default

на from-zaptel
настроил inbound routes и zap channel DIDS

В принципе все работает, за исключением - не показывает транки в флеш панели.

Почитайте конфиги флеш панели, там много примеров.
В базовом варианте все кнопки выгребаются скриптами, если что-то не показывается - на запрещено а) раобраться почему нет, б) не разбираться а просто добавить руками.

Подскажите где лежат конфиги панели.

Или Вы стараетесь искать сами, или одно из двух.