У меня скрипт на perl выполняет присвоение переменной выполняя shell команду
Пример:
$x=`команда`;

При запуске скрипта из командной все проходит нормально.
Если скрипт стартует в AGI то на этом месте зависает.

Вычитал про похожую проблему здесь. Но решение действительно не айс.

Кто решел эту проблему иначе?

то решение было исключительно для sh
-
chomp $x;
не?
что вообще за команда?

Команда ssh выполняет shell скрипт кот в mysql делает select и присваевает $x одно значение

ну для такой тривиальной задачи есть специальные инструменты:
func_odbc и func_mysql