Давайте по порядку. Попробуйте еще раз сделать так (как было):

span=1,0,0,ccs,hdb3

# termtype: te

bchan=1-15
dchan=16
unused=17-31 (кстати пробовали так. Выше советовали)

# Global data

loadzone = ru
defaultzone = ru

echocanceller=mg2,1-15

==========================


dahdi-channels.conf

[channels]
group=1

context=Incoming
signalling=pri_cpe
switchtype=euroisdn
channel => 1-15

Перегрузите, как описывали выше, и покажите вывод тех же команд ...

cat /proc/dahdi/*
Span 1: WCT1/0 "Wildcard TE121 Card 0" (MASTER) HDB3/CCS
IRQ misses: 23

1 WCT1/0/1 Clear (In use) (SWEC: MG2)
2 WCT1/0/2 Clear (In use) (SWEC: MG2)
3 WCT1/0/3 Clear (In use) (SWEC: MG2)
4 WCT1/0/4 Clear (In use) (SWEC: MG2)
5 WCT1/0/5 Clear (In use) (SWEC: MG2)
6 WCT1/0/6 Clear (In use) (SWEC: MG2)
7 WCT1/0/7 Clear (In use) (SWEC: MG2)
8 WCT1/0/8 Clear (In use) (SWEC: MG2)
9 WCT1/0/9 Clear (In use) (SWEC: MG2)
10 WCT1/0/10 Clear (In use) (SWEC: MG2)
11 WCT1/0/11 Clear (In use) (SWEC: MG2)
12 WCT1/0/12 Clear (In use) (SWEC: MG2)
13 WCT1/0/13 Clear (In use) (SWEC: MG2)
14 WCT1/0/14 Clear (In use) (SWEC: MG2)
15 WCT1/0/15 Clear (In use) (SWEC: MG2)
16 WCT1/0/16 HDLCFCS (In use)
17 WCT1/0/17
18 WCT1/0/18
19 WCT1/0/19
20 WCT1/0/20
21 WCT1/0/21
22 WCT1/0/22
23 WCT1/0/23
24 WCT1/0/24
25 WCT1/0/25
26 WCT1/0/26
27 WCT1/0/27
28 WCT1/0/28
29 WCT1/0/29
30 WCT1/0/30
31 WCT1/0/31

dahdi show channels
Chan Extension Context Language MOH Interpret Blocked State
pseudo default default In Service
1 default default In Service
2 default default In Service
3 default default In Service
4 default default In Service
5 default default In Service
6 default default In Service
7 default default In Service
8 default default In Service
9 default default In Service
10 default default In Service
11 default default In Service
12 default default In Service
13 default default In Service
14 default default In Service
15 default default In Service

dahdi show status
Description Alarms IRQ bpviol CRC4 Fra Codi Options LBO
Wildcard TE121 Card 0 OK 23 0 0 CCS HDB3 YEL 0 db (CSU)/0-133 feet (DSX-1)

Есть смысл попробовать 1.4 ветку? И может ли быть косяк карточки?

Нет.
Не может.

dahdi show status показывает количество настроенных каналов, или реальное количество принимаемое из Е1 ? Если второе, то почему при настроенных 15-и звонки лезут в 17 по 31?

сторона которая шлет вызовы ничего не знает о ваших настройках и шлет вызовы согласно своих (настроек)

Тема точно соответствует вопросу, поэтому попробую задать вопрос здесь.
Общая схема
Провайдер-E1-Asterisk-E1-ATS
Что работает:
ATS-Asterisk в обе стороны OK
Asterisk-Провайдер в обе стороны OK
ATS-Asterisk-Провайдер OK
Не работет:
Провайдер-Asterisk-ATS
До астериска звонок доходит, это отражается в отчете - виден номер источника, в качестве дестинейшена стоит буква s (что это я пока не знаю). Эллисон Смит сообщает, что набраный номер не обслуживается и сообщает DID который и должен приходить от провайдера при звонке на этот номер.
Сообщать, что я новичек, вероятно нет смысла, думаю это и так понятно из вопроса. В настоящее время усиленно гуглю тему, но пока безрезультатно.
Самое обидное, что воскресенье единственный день, когда можно переключить каналы на Asterisk и что-то проверить..

Если

MrN0n4me:

Asterisk-Провайдер в обе стороны OK

то звонок от провайдера должен приходить на конкрентный номер DID (номера). Которые вам назначил провайдер. Согласно которым и рулится входящая маршрутизация. Если не указан входящий маршрут - номер DID, то любой звонок попадает на стартовый экстеншн
exten => s,1,

MrN0n4me:

Не работет:
Провайдер-Asterisk-ATS

Чтобы транзитом прозрачно пробрасывать звонки от Провайдера через Астериск в ATS нужно как минмимум знать диалплан в АТС. Ну и, как максимум - знать что Вы хотите, или, куда хотите, чтобы этот номер уходил в АТС? Нужна конкретика одним словом, на спичках трудно объяснять.

От провайдера на каждый номер в потоке приходит свой DID. На АТС настроен диалплан основанный на этих DID. Что-то отправляется на автосекретари, что-то на факсы и т.д.
Небольшой офтоп: в идеале хочется избавится от этой кучи морально устаревших аппаратных автосекретарей и факсов и настроить IVR, DISA и VirtualFax на Астериске.
Так как пока для реализации планов знаний явно не достаточно выбрал вариант транзитного проброса входящих звонков через Астериск на АТС.
То есть все, что пришло в потоке от провайдера не изменяя передать на АТС.
Сейчас настройки в dahdi-channels.conf выглядят так
; Span 1: TE4/0/1 "T4XXP (PCI) Card 0 Span 1" (MASTER)
// по этому потоку только исходящие звонки и с ним все OK
group=0
context=from-trunk
switchtype=euroisdn
signalling=pri_cpe
channel => 1-15,17-31

; Span 2: TE4/0/2 "T4XXP (PCI) Card 0 Span 2"
// это как раз "проблемный" поток по которому приходят входящие вызовы. Сейчас он не задействован, физику от провайдера я подключил напрямую к АТС по понятным причинам :(
group=1
context=from-pstn
switchtype=euroisdn
signalling=pri_cpe
channel => 32-46,48-62

// Эти два потока подключены к АТС и в них и хотелось бы передавать DID пришедшие на Span 2 без каких-либо изменений (не хочется перенастраивать диалпланы на АТС, но если без этого ни как, то настрою)
; Span 3: TE4/0/3 "T4XXP (PCI) Card 0 Span 3"
group=2
context=from-internal
switchtype=qsig
signalling=pri_cpe
channel => 63-77,79-93

; Span 4: TE4/0/4 "T4XXP (PCI) Card 0 Span 4"
group=2
context=from-internal
switchtype=qsig
signalling=pri_cpe
channel => 94-108,110-124
Пытался создать исходящий маршрут, в котором в качестве Dial Patterns указывал один из DID приходящий от провайдера, а в качестве Trunk Sequence ZAP/g2 - не работает. То есть если набираю этот DID на софтофоне, Астериск исправно отправляет этот звонок в каналы группы 2 и на АТС срабатывает нужный диалплан. А вот добиться транзитного проброса не получается.
У O'Reilly в AsteriskTM:The Future of Telephony прямо написано, что вопрос настройки потоков не рассматривается. В мануале к Elastix - Elastix without Tears все далеко не так радужно, как обещают в названии. В общем рад любому совету.

насчет нумерации каналов. разве правильно?
в Е1 32 канала, а по вашему получается 31