Оператор дает транк по SIP.
Звонки в город идут с сильной задержкой, разговаривать тяжело, прерывается звук, похоже на VAD, но он отключен.
Если к транку подключить просто SIP аппарат, то все отлично разговаривается.
Внутри все отлично работате, как только звонок через транк, проблемы.

Счего начать решать подобные проблемы?

Все стоит на trixbox v2.6.2.2, сам он на виртуалке на Windows 2008 Hyper-v Server. Аппараты Grandstream всех мастей.

Снизу вверх.
С физики: хорошего подключения - имеется ввиду чтобы не half-duplex, с которого набегает много коллизий и ошибок на интерфейсе,
потом dmesg - исcледовать нет ли там чего тревожного, бывает IRQ у ethernet тот же, что и у HDD, мало ли!
и только потом верхний слой - аналитика собственно RTP, которую через дебаг в астериске, и вплоть до дампа в файл, который потом анализировать через wireshark.

Надо включить internal timing и убедиться что в виртуальной машине доступен источник тайминга. trixbox 2.6.2.2 вроде с asterisk 1.4, там это можно сделать не напрягаясь.

http://asteriskpbx.ru/wiki/asterisk-internal-timing

Включение internal timing для RTP (по умолчанию он включен только для playback и music on hold) очень помогает на плохих каналах с большими задержками (вроде xDSL) или если на той стороне стоит что-то с работающим втихаря VAD который ничего не сообщая просто останавливает RTP-поток в паузах.

ИМХО автор сам локализовал свою проблему. Может не стоит подымать АТС на виртуалке, тем более заставить линукс корректно работать на винде?

Согласен.

В быстрой локалке asterisk может удовлетворительно работать и без источника тайминга, а с провайдером через интернет уже вряд ли.

Для того чтобы трикс нормально вертелся в виртуалке необходимо изменить его ядро на что-нибудь из ветки с vm-постфиксом (напр, vmlinuz-2.6.18-92.1.13.el5vm)
Тогда голос перестает быть рваным.