Имееться два потока Е1 (1 - провайдер, 2 - клиент)
Как настроить сквозную маршрутизация потоков Е1. В Inbound routes могу прописать по отдельности номера в одну сторону (в сторону клиента), чтоб туда ходили клиентские звонки по его потоку. А вот как прописать наоборот, чтоб клиент звоня в город уходил на поток провайдера (поток #1)?

сделайте два отдельных контекста для каждого потока и направляйте по маске _Х. все вызовы из потока в поток. Не используйте обработку freepbx для этого, так как это дополнительная нагрузка.
http://lynks.ru/blog/articles/testirovanie-trixbox-300

Если для поток #1 указан стандартный контекст from-pstn, чтоб в одну сторону (в сторону клиента) туда ходили клиентские звонки по его потоку,
то для поток #2 укажите контекст from-pstn-custom, который создать в extensions_custom.conf и написать там, как указано (с)выше -
exten =_X,1,Dial(ZAP/g2/${EXTEN})