при окончании установки freePBX при установленной Asterisk 1.4.4 следующее сообщение
Checking for Asterisk 1.2..[FATAL] Asterisk 1.4 is NOT SUPPORTED with this version of freePBX. 1.4 will be supported in 2.3.
Не совсем понятно последнее предложение насчет поддержки в версии2.3

что тут не понятно?
поддерживаться будет в версии 2.3 FreePBX

Об этом знает Asterisk? На сайте http://www.freepbx.org/ не нашел информации о сроках выхода 2.3. У Вас есть информация

Можно просто подправить файл functions.php в том месте где он через Manager API запрашивает номер версии show versions и там поменять 1.2 на 1.6 например (или 1.4) и дальше все работает. Подправлять надо до установки freePBX (то есть после распаковки).
см.
install_amp lines 52, 888
functions.inc.php 185

а реально работает без проблем?

как вышел 1.4.0 так и работает. (вернее настраивает)