на сервере стоит asterisk-1.0.6, хочу перейти на более новую версию 1.0.9, как обновить Астериск не затронув при этом конфигурационные файлы, скрипты и т.д., и вообще не вызовет это каких то неприятных последствий ???

Извините за ламерский вопрос

Общее правило - забэкапить конфиги, скрипты, etc.
Прочитать UPGRADE.txt